中国科学院上海分院是中国科学院的派出机构。主要负责中国科学院在上海、浙江和福建的科研机构的联络和管理。它涵盖了材料科学技术领域，包括同步辐射、核科学技术、高能量密度物理、无机化学和无机数据、无机非金属数据和金属数据、天体物理学、地球动力学和技术方法等。信息迷信与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等。；生命迷信与技术领域暂时积累，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物与生物技术、病毒学与免疫学、安康营地研究等优势研究领域。中国科学院上海分院目前拥有上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学与精细力学研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海无机化学研究所、上海生命科学研究所、上海地理站、上海医学研究所、上海巴斯德研究所、福建材料结构研究所、宁波信息技术与工程研究所、上海基础研究所上海分院拥有13个国家重点实验室、31个中国科学院重点实验室和14个法人研究机构，包括中国科学院上海教育基地、中国科学院上海国家技术转移中心和中国科学院上海跨学科研究中心

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